トップに理事長、その下に理事長代理と理事、その下に総務部、経理部、企画部、納付金部、障害者助成部、障害者雇用開発推進部、高齢者雇用推進・研究部、高齢者助成部、求職者支援訓練部、 公共職業訓練部、情報システム総括管理部、職業リハビリテーション部、研究企画部、職業センター、都道府県支部（地域障害者職業センター、職業能力開発促進センター、職業能力開発大学校、職業能力開発短期大学校）、国立職業リハビリテーションセンター、国立吉備高原職業リハビリテーションセンター、職業能力開発総合大学校。その他、理事長の下に内部監査室。